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Institut
de microbiologie
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Laboratoire de génomique et de métagénomique

Responsable

Gilbert Greub, MD-PhD, FAMH

 

Adjoints

Roland Sahli, PhD

Onya Opota, PhD, FAMH

 

Technicien

Sébastien Aeby, technicien de laboratoire (séquençage à haut débit)

 

Génomique fonctionnelle

Nicolas Jacquier, PhD

 

Bioinformaticien-s-ne

Marta Joanna Rosikiewicz , PhD, post-doc

Trestan Pillonel, Doctorant en sciences

Florian Tagini, MD Doctorant en sciences

Sacha Laurent, PhD

 

Partenaires principaux

Dominique Blanc, PhD

Antony Croxatto, PhD, FAMH

Philippe Hauser, PhD

Katia Jaton, PhD, FAMH

Onya Opota, PhD, FAMH

Guy Prod'hom, MD, FAMH

Roland Sahli, PhD


Le laboratoire de génomique et de métagénomique a démarré son activité en janvier 2012, grâce à un soutien institutionnel. L'équipe actuelle, dirigée par le Professeur Greub, comprend principalement 3 bioinformaticiens et un technicien de laboratoire. Cependant, plusieurs autres collaborateurs-trices des laboratoires de diagnostic et de recherche participent activement au développement de ce jeune laboratoire de diagnostic. Le laboratoire utilise actuellement un système Illumina MiSeq pour effectuer la plupart des tâches de séquençage à haut débit, en profitant des installations informatiques locales du CHUV ainsi que de celles de l'Institut suisse de bioinformatique. Un système Sanger est également disponible pour les analyses de confirmation ou de faible débit.

 

L'objectif principal de ce laboratoire est de fournir un outil efficace et rapide pour le séquençage de génomes microbiens, principalement bactériens, et de fournir en quelques jours des informations clés sur la corrélation des souches (typage), les facteurs de virulence et / ou la résistance aux antibiotiques. En plus de ces aspects fondamentaux, l'analyse génomique est utilisée pour identifier des gènes cibles en diagnostic moléculaire (voir R&D), ainsi que pour fournir des données métagénomiques à des fins de recherche et / ou de diagnostic.

En complément, nous disposons d'une installation de génomique fonctionnelle pour étudier l'impact biologique des polymorphismes nucléotidiques (SNPs) identifiés par séquençage.

 

Les prix de ces analyses dépendent fortement de leur nombre et du type d'échantillons / d'espèces microbiennes. Des informations sur les prix peuvent être obtenues sur demande.