Infections bactériennes, microbiotes

Notre groupe de recherche a pour but de comprendre le rôle du microbiote digestif sur la réponse pulmonaire à l’agression par Pseudomonas aeruginosa en intégrant les interactions se situant au niveau local du microbiote pulmonaire. Le but de notre travail est d’identifier de potentielles cibles thérapeutiques qui, par exemple en restaurant une homéostasie du microbiote digestif, permettrait d’améliorer la réponse à l’agression pulmonaire. Cette recherche est essentiellement destinée à améliorer le pronostic des patients admis en structure de soins intensifs ou de multiples antibiothérapies vont altérer le microbiote digestif et modifier la réponse innée à l’agression infectieuse. Notre recherche intègre une recherche fondamentale et une recherche clinique menée sur le CHUV à Lausanne.

Principaux sujets de recherche

P. aeruginosa et microbiotes

Pseudomonas aeruginosa est un bacille Gram négatif présentant un génome de grande taille et disposant d’un grand nombre de facteurs de virulence. Nous avons déjà étudiés différents aspects de la physiopathologie de l’agression pulmonaire liée à cette bactérie en particulier l’importance du système de sécrétion de type III.
Différents travaux ont montré l’importance du microbiote digestif dans la régulation de la réponse innée à l’agression infectieuse tant locale, au niveau de la sphère digestive, qu’à distance au niveau du parenchyme pulmonaire. En induisant une altération du microbiote digestif par des molécules antibiotiques à large spectre au niveau digestif, avec pour conséquence une baisse majeure de la diversité, plusieurs auteurs ont montré une augmentation de sensibilité à des pathogène comme Streptoccocus pneumoniae ou Staphylococcus aureus. Il n’existe actuellement pas de données avec P. aeruginosa.

Les patients admis en secteur de soins intensifs sont soumis à de multiples antibiothérapies lors de leur séjour dont les conséquences au niveau des microbiotes digestifs et pulmonaires n’ont pas encore été totalement élucidées. De la même manière le pronostic de ces altérations n’a pas encore été étudié.

Les objectifs de nos travaux sont donc :

  • Mise au point d’un modèle d’altération du microbiote digestif par une antibiothérapie ciblée en utilisant des molécules à spectres différents.
  • Evaluation des conséquences de ces altérations dans un modèle d’infection pulmonaire à P. aeruginosa.
  • Identification de cibles thérapeutiques pour restaurer une homéostasie du microbiote digestif
  • Etudier la dynamique du profil des microbiotes digestif et pulmonaire des patients de soins intensifs avec ou sans antibiotiques.
  • Individualiser des profils différents en fonction de la molécule choisie permettant d’adapter à sensibilité équivalente la molécule la plus adaptée au profil du patient dans la poursuite du concept de médecine personnalisée.
  • Valider des voies thérapeutiques reposant sur les concepts mesurés en association avec des partenaires institutionnels et industriels.

Clostridium difficile et microbiote C. difficile est devenu, en l’espace d’une dizaine d’années, un entéropathogène de toute première importance, en raison de l’évolution des infections qui sont devenues plus fréquentes, plus sévères et plus difficiles à traiter en raison essentiellement de la survenue de récurrences. Depuis 2013, la transplantation de microbiote fécal est devenue une thérapeutique incontournable dans la prise en charge de la récurrence, son rôle est de corriger la dysbiose qui a été largement documentée dans ce contexte. La restauration du microbiote fécal pose néanmoins un grand nombre de problèmes pratiques.

Contexte : La transplantation de microbiote fécal représente actuellement une des voies d’avenir. A ce jour, la seule indication retenue au niveau international concerne les infections récidivantes à Clostridium difficile ou la TMF a montré des taux de réussite pouvant atteindre plus de 90% largement supérieur aux comparateurs utilisés. La TMF est actuellement évaluée dans les maladies inflammatoires du colon, la décolonisation en cas de bactéries multi-résistantes, le diabète, l’obésité, en oncologie-hématologie et en neurologie.

Notre objectif est de nous orienter vers une recherche translationelle dans la thématique :

  • Mise en place d’une bio-banque et anticipation le développement des formes alternatives (microbiote synthétique).
  • Mise en place de travaux prospectifs de recherche clinique avec création de cohorte pour le suivi à court, moyen et long terme.
  • Adéquation donneur/receveur en terme de profil du microbiote et de l’indication.

Contacts

Prof. Benoit Guery
Professeur, médecin chef
Service des maladies infectieuses
CHUV
BH 10/549
Rue du Bugnon 46
1011 Lausanne, Suisse
Tél. +41 21 314 16 43
Fax +41 21 314 05 97
 Dernière mise à jour le 07/11/2019 à 14:28