Le système de management par la qualité (SMQ) du Centre des formations, coordonné par sa responsable qualité, implique l'ensemble de son équipe dans une Commission qualité élargie, se réunissant trois fois par année. La politique qualité qui en découle, lui permet d’optimaliser le service rendu aux collaborateur-trices et cadres du CHUV à plusieurs niveaux:
Par ailleurs, la réussite et le maintien de la certification à la norme ISO 9001:2015 sont requis par le Secrétariat d'Etat à la formation, recherche et l'innovation (SEFRI) pour certains de ses programmes de formation, notamment pour les Etudes postdiplômes en soins intensifs et en soins d'anesthésie.
Le centre est certifié selon la norme internationale ISO 9001:2015 pour l'ensemble de ses prestations depuis octobre 2020. Il était certifié auparavant par la norme ISO 29990:2010 et jusqu'en 2017 par Eduqua.
Il est audité chaque année par la société Procert SA pour le renouvellement et le suivi de sa certification.