Dr Florian Tagini, MD-PhD

Affiliations primaires:

• Service des maladies infectieuses du CHUV
• Université de Lausanne (UNIL)

• Maladies infectieuses
• Microbiologie clinique
• Infections à bactéries intracellulaires
• Infections transmises par les tiques
• Microbiologie moléculaire et génomique bactérienne
• Antibiorésistance
• Médecine interne

• Groupe d’âge des patient-e-s: adultes
• Accepte de nouveaux patient-e-s: oui

Le Dr Florian Tagini a obtenu son diplôme fédéral de médecin à l’Université de Lausanne en 2015, après un parcours comprenant une année d’échange au Karolinska Institute de Stockholm. Il a ensuite réalisé un doctorat MD-PhD au Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) et à l’Université de Lausanne (UNIL), sous la direction du Professeur Gilbert Greub. Ses travaux de thèse, consacrés à la génomique bactérienne d’intérêt médical, lui ont valu l’obtention du titre de Docteur en médecine et ès sciences (MD-PhD) en 2019. Il est également titulaire d’un Certificate of Advance Studies (CAS) en recherche clinique. 
Après une formation clinique en médecine interne à l’Hôpital cantonal de Fribourg puis au CHUV, il s’est spécialisé en microbiologie médicale et a obtenu le titre FAMH en 2024. Il a poursuivi sa formation en maladies infectieuses au CHUV avant d’obtenir, en 2026, les titres de spécialiste FMH en médecine interne générale et en maladies infectieuses. Depuis la même année, il exerce comme chef de clinique au sein du Service des maladies infectieuses du CHUV.
Parallèlement à son activité clinique, le Dr Tagini est activement impliqué dans l’enseignement universitaire prégradué (école de biologie et école de médecine) et postgradué (formation des médecin-assistants, formation continue en microbiologie médicale et en maladies infectieuses) ainsi que dans l’organisation de formations scientifiques nationales et internationales. Il a été élu membre du comité de la Société Suisse de Microbiologie (SSM) de 2019 à 2025 et fondateur de la commission Early Career de la SSM. Au niveau international, il exerce depuis 2022 comme TAE national representative de l’ European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) et a été désigné comme ESCMID local champion pour la microbiologie clinique, visant à promouvoir l’ESCMID et ses activités en Suisse. Depuis 2026, il siège également au comité éditorial de la revue Clinical Microbiology Reviews.
Le Dr Tagini a reçu plusieurs distinctions nationales et internationales, parmi lesquelles l’ESCMID TAE Outstanding Trainee Award (2023), plusieurs bourses de voyage ECCMID/ESCMID, ainsi que divers prix récompensant ses présentations et ses travaux scientifiques dans le domaine de la microbiologie médicale.

Les activités de recherche du Dr Florian Tagini se situent à l’interface entre les maladies infectieuses et la microbiologie médicale. Ses travaux portent notamment sur les bactéries intracellulaires, les agents pathogènes transmis par les tiques, ainsi que sur l’application des approches génomiques et des méthodes moléculaires au diagnostic microbiologique. Il s’investit également dans l’encadrement de travaux de recherche et la formation d’étudiants de master.
Auteur de nombreuses publications scientifiques dans des revues internationales, le Dr Tagini participe à plusieurs collaborations et réseaux européens de recherche en microbiologie clinique et maladies infectieuses. Il est notamment impliqué au sein de l’European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID), à travers les groupes d’intérêt ESGMAC (Mycoplasma and Chlamydia Infections), ESGMD (Genomics & Molecular Diagnostics) et ESGMYC (Mycobacterial infections).

• Epidemiological changes in Chlamydia pneumoniae molecular detections before, during and after (2018 to 2023) the COVID-19 pandemic in 27 European sites and Taiwan. Tagini F, Uldum SA, Berengua C, Ivan B, Capaul R, Edouard S, Fischer A, et al. Euro Surveill. 2025 Jun;30(23):2400682. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2025.30.23.2400682.. PMID: 40511472. Voir l'article

• From coughs to complications: the story of Chlamydia pneumoniae. Tagini F, Puolakkainen M, Greub G, On Behalf Of The Escmid Study Group For Mycoplasma And Chlamydia Infections ESGMAC. J Med Microbiol. 2025 Apr;74(4):002006. PMID: 40279169.  Voir l'article

• Development of novel broad-range pan-genus PCR assays for the detection of Tropheryma species. Tagini F, Belkoniene M, Jaton K, Opota O, Greub G. J Med Microbiol. 2024 Sep;73(9). doi: 10.1099/jmm.0.001889. PMID: 39320350. Voir l'article

• Chlamydia pneumoniae Upsurge at Tertiary Hospital, Lausanne, Switzerland. Tagini F, Opota O, Greub G. Emerg Infect Dis. 2024 Apr;30(4):810–2. PMID: 38413241. Voir l'article

• Pathogenic Determinants of the Mycobacterium kansasii Complex: An Unsuspected Role for Distributive Conjugal Transfer. Tagini, F, Pillonel T, Bertelli C, Jaton K, Greub G. Microorganisms 2021 Jan;9, 348. PMID: 33578772. Voir l'article

• ChlamDB: a comparative genomics database of the phylum Chlamydiae and other members of the Planctomycetes-Verrucomicrobiae-Chlamydiae superphylum. Pillonel T, Tagini F, Bertelli C, Greub G. Nucleic Acids Res. Jan 8;2020, 48(D1):D526-D534. PMID: 31665454. Voir l'article

• Phylogenomics reveal that Mycobacterium kansasii subtypes are species-level lineages. Description of Mycobacterium pseudokansasii sp. nov., Mycobacterium innocens sp. nov. and Mycobacterium attenuatum sp. nov. Tagini F, Aeby S, Bertelli C, Droz S, Casanova C, Prod’hom G, et al. Int J Syst Evol Microbiol. 2019 Jun;69(6):1696-1704. PMID: 30950782. Voir l'article

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