Le SMPP intervient dans les infirmeries des prisons vaudoises, qui fonctionnent comme des centres de consultations ambulatoires. Aujourd'hui, quatre prisons sont en activité dans le canton, représentant environ 700 détenus.

Les infirmeries des prisons du Bois-Mermet (hommes en détention préventive) et de La Tuilière (hommes en détention préventive et femmes soumises à tous les régimes d'incarcération) constituent le pôle du Léman. Les infirmeries des prisons de La Croisée (hommes en détention préventive) et des Etablissements de la Plaine de l'Orbe (EPO, pour les hommes en exécution de peine) constituent le pôle d'Orbe. Deux unités de psychiatrie en milieu pénitentiaire y sont associées: l'une est située à La Tuilière (pour des hommes en détention préventive), l'autre aux EPO. Ces deux unités fonctionnent comme des centres de traitement de jour.

Visant à organiser les soins dans les prisons vaudoises, prévenir les risques d'atteintes de la santé (notamment liés à la transmission des maladies infectieuses), et contribuer à la réinsertion des personnes détenues (en œuvrant à la continuité des soins avec les institutions de la société civile), les missions du SMPP ont été définies selon les axes suivants:

1. Répondre aux besoins en matière de prise en charge psychiatrique des détenus condamnés ou astreints à une mesure thérapeutique.
2. Développer un système de soins coordonnés, capable d'assurer le suivi médical somatique des détenus, dont ceux présentant une pathologie infectieuse.
3. Améliorer sensiblement les prises en charge des détenus toxicomanes en conformité avec les exigences thérapeutiques actuelles.
4. Développer les actions de prévention et de promotion de la santé, ainsi qu'une évaluation épidémiologique des pathologies rencontrées en milieu carcéral.
5. Améliorer la coordination avec les circuits de soins médicaux et sociaux extérieurs à l'institution pénitentiaire.
6. Développer la formation et l'enseignement tant au sein des équipes pénitentiaires, qu'en milieu universitaire en particulier dans les domaines mal connus (par exemple, délinquance sexuelle).
7. Améliorer et rationaliser l'utilisation des ressources, et en particulier le système de facturation pour générer de nouvelles recettes.

Pour remplir ces missions, le SMPP s'appuie sur 60 collaborateurs environ, de différentes professions: médecins psychiatres et internistes, infirmiers, psychologues, ergothérapeutes, TRM et secrétaires. Les prestations de ces équipes sont complétées par des contrats de collaboration avec d'autres professionnels: physiothérapeutes, orthopédiste, gynécologue, dentiste ou ophtalmologue.

Ce dispositif permet au service d'assurer une bonne coordination avec le réseau sanitaire de proximité et d'assurer le transfert des détenus vers les centres de soins spécialisés dans des conditions optimales lorsque leur état de santé le nécessite.

Le SMPP dispose d'une consultation spécialisée dans la problématique des conduites sexuelles transgressives ou à risques transgressifs. Celle-ci propose des traitements psychiatriques et psychothérapeutiques pour les personnes soumises ou non à une injonction légale de soins. Ce suivi ambulatoire peut être prodigué dans le cadre d'une libération provisoire avant jugement ou conditionnelle dans le cadre de l'exécution de la peine. Il peut être poursuivi lorsque la personne est libérée de toute obligation légale.

Cette consultation est également ouverte aux adolescents dès l'âge de 15 ans disposés à suivre un traitement individuel ou dans le cadre d'un mandat judiciaire, qu'ils soient mis en cause ou condamnés pour une infraction à caractère sexuel. Elle se trouve dans les locaux du siège administratif du service sur le site de Cery.