À la découverte des laboratoires du CHUV - épisode 8

Actifs dans les coulisses, les laboratoires du CHUV jouent un rôle primordial dans la prise en charge des patient-e-s. Dans ce huitième épisode, nous partons à la découverte des laboratoires de l’Institut universitaire de pathologie avec la Pre Laurence de Leval, cheffe de service. Interview.

Dans le parcours de soins, notre rôle est clé en oncologie, puisque, dans la grande majorité des cas, un cancer est diagnostiqué sur la base d’un prélèvement tumoral analysé par un-e pathologiste. Nous intervenons aussi dans certaines maladies inflammatoires ou auto-immunes. Au-delà du diagnostic, nous apportons des éléments utiles pour orienter la prise en charge, en lien étroit avec les équipes cliniques. Enfin, la pathologie s’inscrit souvent dans le temps avec des prélèvements successifs qui peuvent nécessiter des comparaisons. D’où l’importance de l’archivage des lames, des blocs et de la documentation précise du dossier de chaque patient.

« Dans la grande majorité des cas, un cancer est diagnostiqué sur la base d’un prélèvement tumoral analysé par un-e pathologiste. »

Comment sont organisés vos laboratoires ? 

Sur le plan organisationnel, nos laboratoires sont structurés en trois grands secteurs. Le premier regroupe la pathologie chirurgicale (histopathologie), qui prend en charge les échantillons tissulaires, fixés au formol ou à l’état frais. Après réception et enregistrement, la macroscopie permet d’examiner les pièces, d’identifier les zones d’intérêt et de réaliser des prélèvements ciblés représentatifs des lésions. Les échantillons sont ensuite pris en charge en histologie jusqu’à la production de lames, colorées puis numérisées avant lecture par les pathologistes. L’Institut de pathologie pratique également des autopsies dites « médicales », réalisées dans des contextes de décès non suspects. Elles permettent notamment de préciser la cause d’un décès inexpliqué, d’évaluer d’éventuelles complications liées à un traitement, ou encore d’identifier des malformations, des lésions ou certaines causes de décès in utero et périnataux.

Le deuxième secteur est la cytopathologie, dédiée aux prélèvements cellulaires. Selon le type de prélèvement, les traitements varient, mais l’objectif reste le même, produire des lames interprétables.

Enfin, la pathologie moléculaire intervient en deuxième ligne pour des analyses complémentaires, avec trois laboratoires principaux, immunohistochimie, FISH et biologie moléculaire. À noter que nous disposons aussi d’un microscope électronique, indispensable pour certaines indications très spécialisées, notamment l’analyse des biopsies rénales.

Au-delà des laboratoires de l’Institut, vous intervenez aussi au plus près du bloc opératoire. Comment fonctionne cette antenne ?

Nous avons une antenne rattachée à la pathologie chirurgicale, située près du bloc opératoire, dédiée aux examens extemporanés. Elle permet de prendre en charge des prélèvements frais pendant l’intervention. Concrètement, le tissu est congelé très rapidement, puis coupé pour obtenir des lames analysables en un délai court, afin de donner une orientation et aider le ou la chirurgien-ne à ajuster sa stratégie opératoire. Environ 350 à 400 interventions par an bénéficient de ce service. La proximité facilite aussi les échanges en direct avec l’équipe chirurgicale pendant l’intervention.

« Nous traitons plus de 30'000 dossiers par an, ce qui représente sur le plan technique environ 120'000 blocs de paraffine et 380'000 lames. »

Quel est votre volume d’activité ?

Pour donner un ordre de grandeur, nous traitons plus de 22’000 dossiers par an en histologie et plus de 12’000 en cytologie. Sur le plan technique, cela représente environ 120’000 blocs de paraffine, 380’000 lames, plus de 25’000 colorations spéciales et environ 70’000 immunohistochimies chaque année. La majorité de cette activité concerne le CHUV, avec environ 15% provenant de l’extérieur, notamment pour des analyses spécialisées ou des sollicitations de second avis.

Et combien de collaboratrices et collaborateurs sont mobilisés pour répondre à cette demande ?

Au total, près d’une centaine de personnes travaillent au sein de l’Institut. Nous comptons des médecins pathologistes et en formation, des scientifiques biologistes ou bioinformaticien-nes, des technicien-nes en analyses biomédicales et d’autres technicien-nes de laboratoire, préparateur-trices, sans oublier le personnel administratif.

Lors de notre visite, nous avons remarqué la présence active des médecins pathologistes dans les laboratoires. Quelle est l’importance de cette collaboration au quotidien ?

Elle est essentielle, parce qu’une partie du travail relève directement de l’activité médicale. Pour les prélèvements volumineux, nous passons par une étape de macroscopie et de dissection pour caractériser les lésions en rapport avec des repères anatomiques, et sélectionner les zones pertinentes à analyser. C’est un travail réalisé au quotidien dans les laboratoires, par les médecins assistant-es, sous la supervision des médecins cadres ou des chefs de clinique. Les pathologistes ne sont donc pas seulement destinataires des lames produites, ils sont aussi acteurs à part entière de l’activité du laboratoire.

Et du côté des TAB,  nous avons observé des gestes très spécifiques, que nous n’avions pas vus dans d’autres laboratoires.

Les TAB en pathologie développent un profil très spécifique, qui se construit au contact de la spécialité. En histologie, ils prennent en charge des prélèvements parfois minuscules. Ils doivent orienter correctement les tissus, réaliser des coupes très fines, contrôler la qualité souvent au microscope, et travailler avec une grande précision, tout en évitant toute contamination d’un cas à l’autre et en préservant au maximum ce matériel précieux.

Cette spécialisation se fait surtout en cours d’emploi, avec une courbe d’apprentissage encadrée. La mise au point de nouvelles analyses, notamment les immunomarquages avec de nouveaux anticorps, se fait en collaboration étroite avec les médecins et les scientifiques. En cytopathologie, la préparation des échantillons est généralement moins complexe, mais les technicien-nes sont souvent davantage impliqué-es dans le screening et l’observation microscopique des lames.

Aujourd’hui, toutes les lames produites dans vos laboratoires sont numérisées. Quel impact cette digitalisation a-t-elle sur le travail des pathologistes ?

Depuis 2022, notre Institut a pris le pas de la transformation digitale, et depuis plus d’une année environ, la numérisation de l’ensemble des lames histologiques est systématique. Cette transition représente un changement de pratique assorti de multiples avantages.  Une lame numérique se conserve durablement, se consulte à distance, se partage plus facilement entre nous ou avec des experts externes si nécessaire et permet certaines mesures plus précises. Surtout, c’est le socle du développement de la pathologie computationnelle et des outils d’aide au diagnostic et un support précieux pour l’enseignement.

Il y a aussi des contraintes. La numérisation ajoute une étape au flux de travail avec un léger impact sur les délais, et elle dépend d’équipements supplémentaires, avec leurs aléas. Enfin, certaines situations gardent un avantage au microscope, notamment en cytologie où l’observation en profondeur est importante. Pour le moment, nous travaillons donc encore avec les deux approches.

« La pathologie digitale ouvre de nouvelles possibilités en matière de partage, d’analyse, d’aide au diagnostic et d’enseignement. »

Comment vos résultats sont-ils transmis aux médecins prescripteurs ?

Les résultats sont transmis par l’intermédiaire d’un compte rendu anatomopathologique rédigé par un-e pathologiste et intégré au dossier du patient. Notre rapport est un document très structuré qui reprend les informations cliniques, une description précise du matériel reçu et analysé, un résumé des observations microscopiques et la conclusion diagnostique. En cas d’examen extemporané, une information provisoire peut être communiquée rapidement, parfois oralement, avant le rapport final.

Et une fois les résultats transmis, que deviennent les blocs, les lames et les échantillons ?

L’ensemble des lames et des blocs sont archivés. Il y a d’abord des obligations réglementaires, avec une conservation sur plusieurs décennies, environ 20 à 25 ans pour les adultes et davantage pour les enfants. Mais au fond, c’est surtout essentiel sur le plan médical, parce qu’un-e patient-e peut présenter une récidive, nécessiter une relecture. Des nouvelles questions peuvent aussi se poser ou une nouvelle possibilité d’investigation se développer et être utile pour le patient concerné ou pour sa famille.

Les blocs sont particulièrement précieux, parce qu’ils permettent de repartir du tissu, alors que les lames peuvent s’altérer avec le temps. À l’Institut, nos archives remontent aujourd’hui jusqu’à 1993, soit plus de 30 ans. Cela exige une organisation rigoureuse. En effet, avec plus de 3 millions de blocs conservés, c’est simple, un bloc mal rangé peut devenir un bloc perdu. 

« L’archivage ne répond pas seulement à une obligation réglementaire, il est aussi essentiel sur le plan médical. »

En tant qu’institut universitaire, vous êtes également très actifs dans le domaine de la recherche. Quels sont vos principaux axes d’investigation ?

Notre recherche est très ancrée dans la spécialité, avec les tissus comme point de départ. Elle est d’abord thématique, menée par des pathologistes spécialistes de différents organes ou de certaines maladies spécifiques, avec la finalité de mieux comprendre les mécanismes en jeu, d’améliorer le diagnostic et d’identifier des biomarqueurs. Nous développons aussi une recherche plus transversale, orientée méthodes, autour de la biologie spatiale et de la pathologie digitale, avec une forte dimension de données et des collaborations, notamment avec la Data Science. Enfin, nous sommes impliqués en support des études cliniques interventionnelles qui nécessitent des procédures spécifiques de prise en charge des échantillons, et une unité dédiée.

Quels sont les projets de développement prioritaires pour l’Institut universitaire de pathologie pour ces prochaines années ?

La médecine évolue vers davantage de précision, avec des analyses plus complexes et une quantité de données en forte augmentation. Cela implique d’adapter nos pratiques, nos technologies et nos systèmes d’information, notamment avec un LIMS encore mieux adapté à l’évolution de la pratique. L’objectif, au final, est une pathologie plus digitale et plus intégrée, en lien avec l’imagerie, les autres laboratoires et la clinique.

Et plus largement, comment imaginez-vous la pathologie de demain au CHUV ?

La base de notre discipline reste l’analyse d’une coupe par le ou la pathologiste. Elle va évoluer, être de plus en plus assistée par des outils numériques et des algorithmes, mais elle restera le socle de notre évaluation. Et l’autre point, très important, c’est l’intégration clinique. Sans le contexte clinique et l’histoire du patient, la signification de telle ou telle lésion peut être difficile à interpréter.

« La pathologie restera fondée sur l’expertise du ou de la pathologiste, même si elle sera de plus en plus assistée par des outils numériques et des algorithmes. »

Pour conclure, s’il y avait un message que vous souhaiteriez transmettre aux équipes cliniques et aux patient-e-s à propos de votre discipline, lequel serait-ce ?

La pathologie est une discipline clinique à part entière et au service direct des patient-e-s, elle ne peut s’exercer pleinement que dans un dialogue étroit avec les médecins soignants. C’est cette mise en perspective qui fait la force de notre discipline.

Propos recueillis par Franco Genovese

Photos: © CHUV/Gilles Weber