Responsable
Gilbert Greub, MD-PhD, FAMH
Adjoints-es
Claire Bertelli, PhD, responsable bioinformatique
Techniciens-nes
Sébastien Aeby, TAB chef d'unité
Virginie Martin, TAB
Génomique fonctionnelle
Nicolas Jacquier, PhD
Bioinformaticiens
Trestan Pillonel, PhD
Partenaires principaux
Le laboratoire de génomique et de métagénomique a démarré son activité en janvier 2012, grâce à un soutien institutionnel. L'équipe actuelle, dirigée par le Professeur Greub, comprend principalement 3 bioinformaticiens et un technicien de laboratoire. Cependant, plusieurs autres collaborateurs-trices des laboratoires de diagnostic et de recherche participent activement au développement de ce jeune laboratoire de diagnostic. Le laboratoire utilise actuellement un système Illumina MiSeq pour effectuer la plupart des tâches de séquençage à haut débit, en profitant des installations informatiques locales du CHUV ainsi que de celles de l'Institut suisse de bioinformatique. Un système Sanger est également disponible pour les analyses de confirmation ou de faible débit.
L'objectif principal de ce laboratoire est de fournir un outil efficace et rapide pour le séquençage de génomes microbiens, principalement bactériens, et de fournir en quelques jours des informations clés sur la corrélation des souches (typage), les facteurs de virulence et / ou la résistance aux antibiotiques. En plus de ces aspects fondamentaux, l'analyse génomique est utilisée pour identifier des gènes cibles en diagnostic moléculaire (voir R&D), ainsi que pour fournir des données métagénomiques à des fins de recherche et / ou de diagnostic.
En complément, nous disposons d'une installation de génomique fonctionnelle pour étudier l'impact biologique des polymorphismes nucléotidiques (SNPs) identifiés par séquençage.
Les prix de ces analyses dépendent fortement de leur nombre et du type d'échantillons / d'espèces microbiennes. Des informations sur les prix peuvent être obtenues sur demande.
Rochat E, Vuilleumier S, Aeby S, Greub G, Joost S
Appl Environ Microbiol. 2020 Dec 17;87(1)
Dylus D, Pillonel T, Opota O, Wüthrich D, Seth-Smith HMB, Egli A, Leo S, Lazarevic V, Schrenzel J, Laurent S, Bertelli C, Blanc DS, Neuenschwander S, Ramette A, Falquet L, Imkamp F, Keller PM, Kahles A, Oberhaensli S, Barbié V, Dessimoz C, Greub G, Lebran
Front Microbiol. 2020;11:591093
Ardissone S, Scherler A, Pillonel T, Martin V, Kebbi-Beghdadi C, Greub G
Microorganisms. 2020 Nov 24;8(12)
Duss FR, Jaton K, Vollenweider P, Troillet N, Greub G
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Laurent S, Zakham F, Bertelli C, Merz L, Nicod L, Mazza-Stalder J, Greub G, Jaton K, Opota O
Int J Antimicrob Agents. 2020 Aug;56(2):106068
Marizzoni M, Gurry T, Provasi S, Greub G, Lopizzo N, Ribaldi F, Festari C, Mazzelli M, Mombelli E, Salvatore M, Mirabelli P, Franzese M, Soricelli A, Frisoni GB, Cattaneo A
Front Microbiol. 2020;11:1262
van Dooremalen WTM, Verweij SP, den Hartog JE, Kebbi-Beghdadi C, Ouburg S, Greub G, Morré SA, Ammerdorffer A
Microorganisms. 2020 Jun 17;8(6)
Kebbi-Beghdadi C, Pilloux L, Martin V, Greub G
Microorganisms. 2020 Mar 3;8(3)
Magalhães B, Valot B, Abdelbary MMH, Prod'hom G, Greub G, Senn L, Blanc DS
Front Public Health. 2020;8:3
Scherler A, Jacquier N, Kebbi-Beghdadi C, Greub G
Microorganisms. 2020 Jan 9;8(1)
Pillonel T, Tagini F, Bertelli C, Greub G
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Thiévent K, Szentiványi T, Aeby S, Glaizot O, Christe P, Greub G
Parasite. 2020;27:54
Bayramova F, Jacquier N, Greub G
Microorganisms. 2019 Nov 26;7(12)
Jacquier N, Yadav AK, Pillonel T, Viollier PH, Cava F, Greub G
mBio. 2019 Jul 16;10(4)
Zakham F, Laurent S, Esteves Carreira AL, Corbaz A, Bertelli C, Masserey E, Nicod L, Greub G, Jaton K, Mazza-Stalder J, Opota O
New Microbes New Infect. 2019 Sep;31:100582
Tagini F, Aeby S, Bertelli C, Droz S, Casanova C, Prod'hom G, Jaton K, Greub G
Int J Syst Evol Microbiol. 2019 Jun;69(6):1696-1704
Abdelbary MHH, Senn L, Greub G, Chaillou G, Moulin E, Blanc DS
Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2019 Jun;38(6):1163-1170
Pillonel T, Bertelli C, Aeby S, de Barsy M, Jacquier N, Kebbi-Beghdadi C, Mueller L, Vouga M, Greub G
Genome Biol Evol. 2019 Apr 1;11(4):1334-1344
de Barsy M, Herrgott L, Martin V, Pillonel T, Viollier PH, Greub G
Sci Rep. 2019 Mar 20;9(1):4885