Laboratoire d'Angela Ciuffi

Intégration, Transcription, Latence et Immunité innée

Le virus de l’immunodéficience humaine ou VIH est l’agent infectieux responsable du SIDA (Syndrome de l’ImmunoDéficience Acquise). Ce virus, qui a infecté plus de 77 millions de personnes et en a tué plus de 40 millions, est transmis par l’échange de fluides contaminés (rapports sexuels non protégés, contacts sanguins, transmission de la mère à l’enfant). 

Tout au long de son cycle de réplication, le VIH utilise la machinerie cellulaire. C’est ainsi qu’il arrive à pénétrer dans la cellule, à s’intégrer dans le génome de la cellule-hôte, et à fabriquer de nouvelles particules qui bourgeonnent de la cellule-hôte. Le VIH a développé plusieurs stratégies afin de se reproduire efficacement et promouvoir sa réplication, en exploitant les ressources de la cellule-hôte à son avantage d’une part et en bloquant les systèmes de défense (immunité innée) de la cellule-hôte d’autre part. 

Aujourd’hui, il existe un traitement antiviral efficace permettant de bloquer la progression de la maladie, permettant au VIH de passer du stade d’infection mortelle à celui d’infection chronique. Toutefois ce traitement ne permet pas l’élimination du virus, qui persiste malgré tout dans l’organisme sous la forme de réservoirs viraux, et qui nécessite donc une prise à vie du traitement. Ces réservoirs viraux, constitués entre autres de cellules T CD4+ infectées de manière latente, sont considérés aujourd’hui comme étant un obstacle majeur à la guérison des individus VIH+.

C’est dans ce contexte que s’inscrit notre recherche dont le but principal est une meilleure compréhension de la biologie du VIH, et l’identification de nouvelles stratégies thérapeutiques visant à l’éradication du VIH. Plus spécifiquement, nous nous intéressons à l’interaction entre le VIH et sa cellule-hôte sous les quatre aspects suivants:

(i)    La dynamique de réplication du VIH (analyses du transcriptome, de l’épitranscriptome, du protéome et du phosphoprotéome pendant la progression du VIH dans la cellule-hôte).
(ii)    L’intégration du génome viral dans le génome de la cellule-hôte (protéines impliquées dans l’intégration, sélection des sites d’intégration, caractéristiques génomiques des sites d’intégration et impact sur l’expression virale).
(iii)    La latence du VIH (analyses du transcriptome de cellules T CD4+ primaires, entrant ou sortant de la latence après réactivation avec différents composés, au niveau population et au niveau «single-cell»). 
(iv)    Immunité innée de la cellule-hôte (identification et caractérisation de facteurs de restriction du VIH). 

Mots-clés: virus VIH, intégration, latence, immunité innée, transcriptome (RNA-Seq), single-cell, virologie

Ces projets sont financés par le Fonds National Suisse de la Recherche Scientifique, par le Programme Européen FP7 (n°305762: Hit Hidden HIV), par la Fondation Novartis pour la Recherche en Sciences Médico-Biologiques, et par l’étude de cohorte VIH suisse (Swiss HIV Cohort Study), qui inclut plus de 9000 individus ayant donné leur consentement pour des analyses génétiques.