R&D en diagnostic moléculaire

Automatisation en microbiologie moléculaire

En raison de la demande croissante de tests moléculaires dans notre établissement à cause de la valeur ajoutée du diagnostic moléculaire dans une grande variété de situations cliniques, l'automatisation du diagnostic moléculaire est nécessaire. Depuis ces dix dernières années, nous avons progressivement amélioré notre plateforme moléculaire de l'étape pré-analytique à l'étape post analytique. Premièrement, cette plate-forme automatisée comprend des instruments validés pour l'extraction correcte et reproductible de l'ADN ou de l'ARN à partir d'une variété d'agents pathogènes et d'échantillons. Ensuite, toutes les PCR en temps réel sont soit établies de novo, soit adaptées de la littérature pour se conformer aux mêmes spécifications, c'est-à-dire mélange réactinnel identique, amorces et sondes adaptées à une température d'hybridation / synthèse de 60 ° C, activation initiale à 95 ° C et temps de dénaturation de la matrice. Ces PCR "maison" permettent une flexibilité en termes de diversité des agents pathogènes (bactéries, virus, parasites et champignons) et de l'adaptation aux besoins locaux (y compris nouvelles épidémies), nécessitant un processus de R&D judicieux.

Mise en place de notre portefeuille de tests moléculaires

Chaque paramètre de notre portefeuille est développé, standardisé et validé par un processus de R&D accrédité et soumis aux recommandations internationalement reconnues. Ce processus nous permet de nous adapter aux besoins locaux y compris nouvelles épidémies). Nous avons ainsi développé principalement des PCR "maison" pour des bactéries intracellulaires (Chlamydia, Coxiella, Rickettsia, ...), des parasites (Malaria, Toxoplasma, Leishmania ...) et des champignons (Aspergillus, PCJ, pan-fungi, ...). Avec un tel processus de validation, nous pouvons dire maintenant que les contaminations ne sont plus un problème et qu'il est temps maintenant de reconnaître pleinement la véritable contribution du diagnostic moléculaire. De plus, nous pouvons fournir une quantification, grâce à une stratégie de plasmide, qui fournissent des informations clés utiles pour interpréter la signification clinique ainsi que pour surveiller l'impact du traitement et / ou la progression de la maladie.

Diagnostic moléculaire en virologie

Les méthodes classiques basées sur la culture cellulaire ont été remplacées par des méthodes moléculaires utilisant l'amplification des acides nucléiques (PCR). En 2008, l'ensemble des analyses de la virologie a été transféré au laboratoire de diagnostic moléculaire. Des efforts ont été faits pour adapter la plupart des tests viraux à un format standardisé adapté à la PCR en temps réel et à l'automatisation de ce laboratoire (Greub et al. 2016). Un outil basé sur le logiciel MultiQC a également été développé pour la surveillance de la qualité des tests moléculaires (R. Sahli, 2009 280 Ko).

Papillomavirus humains (HPV)

Le laboratoire R&D en virologie sert de laboratoire de référence HPV de l'OMS pour la région Europe, en charge du génotypage, depuis 2007.