Laboratoire Gouttenoire et Moradpour

Jérôme Gouttenoire, PhD, PD
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Moradpour, MD, Professeur de Médecine
Tel. +41 21 314 4714
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Virologie moléculaire et pathogénèse des hépatites C et E

La recherche menée dans notre laboratoire se focalise sur les bases moléculaires des maladies du foie, plus particulièrement la virologie et la pathogénèse des hépatites C et E.  Les projets en cours sont financés par le Fonds National Suisse pour la Recherche ainsi que par d’autres sources. Ils impliquent des techniques de biologie moléculaire et cellulaire, de biochimie et de virologie dont l’utilisation de modèles d’infection, des techniques avancées d’imagerie ainsi que des analyses à large échelle d’expression génique et de protéomique. Ces projets sont réalisés sur une base collaborative pour les analyses génétiques et structurales.

 

Hépatite C

L’infection par le virus de l’hépatite C (VHC) est une des causes majeures d’hépatite chronique, de cirrhose du foie et de carcinome hépatocellulaire dans le monde. Notre recherche durant les dernières années s’est focalisée sur les déterminants viraux et cellulaires requis pour la formation du complexe de réplication du VHC, l’étude des propriétés structurales et fonctionnelles des protéines virales, et l’analyse des interactions de ces facteurs viraux avec les protéines cellulaires et les différentes voies de signalisation.

 

Interférence du VHC avec les voies de signalisation cellulaires

Le VHC a développé de nombreuses stratégies pour contrecarrer la réponse immunitaire de l’hôte et ainsi établir une infection persistante. De précédents travaux ont permis d’identifier la protéase à sérine du VHC NS3-4A comme étant une protéine virale clé dans le blocage des voies de signalisation de la réponse immunitaire innée. NS3-4A coupe et inactive MAVS, un effecteur essentiel de la voie RIG-I de détection de l’ARN viral, bloquant ainsi la production d’interféron. Plus récemment, nous avons entrepris une étude protéomique quantitative visant à identifier de nouvelles cibles cellulaires de la protéase virale NS3-4A. Ces études ont révélé plusieurs nouvelles cibles de l’hôte, notamment la glutathione peroxidase 8 (GPx8), qui sont en cours de caractérisation pour leur rôle dans le cycle de vie du virus et la pathogénèse de l’hépatite C.

 

Hépatite E

L’infection par le virus de l’hépatite E (VHE) est une des causes les plus communes d’hépatite aiguë et de jaunisse dans le monde. Les génotypes 1 et 2 du VHE causent principalement des épidémies liées à l’eau contaminé dans des pays à faible revenus avec de mauvaises conditions sanitaires alors que les génotypes 3 et 4 ont émergé comme zoonoses d’origine porcine dans les pays à revenus élevés. De plus, une infection aiguë par le génotype 3 peut conduire à une défaillance hépatique en présence d’une maladie chronique du foie sous-jacente, mais a aussi été reconnu comme la cause de diverses complications neurologiques et d’évolution vers une hépatite E chronique chez les patients immunocompromis.

Le VHE est un virus ARN à brin positif qui appartient à la famille des Hepeviridae. Son génome ARN de 7.2 kb contient 3 phases ouvertes de lectures (open reading frame, ORF) qui sont traduites en (i) la protéine ORF1, réplicase virale comprenant une ARN polymérase ARN-dépendante et d’autres domaines fonctionnels, (ii) ORF2, la capside virale, et (iii) ORF3, une petite protéine requise pour la sécrétion du virus.

 

 

Représentation de l’analyse phylogénétique des hepevirus identifiés dans différents hôtes. (modifiée de Debing Y, Moradpour D, Neyts J and Gouttenoire J. J Hepatol 2016;65:200-212).

 

Caractérisation de l’hépatite E en Suisse

Le Service de Gastro-entérologie et Hépatologie en collaboration avec divers partenaires du Centre Hospitalier Universitaire Vaudois et de l’Université de Lausanne poursuit depuis plusieurs années un effort de recherche multidisciplinaire sur l’hépatite E, incluant la recherche fondamentale, le diagnostic, l’épidémiologie et la prise en charge clinique. Les données cliniques et les échantillons biologiques obtenus dans ces conditions représentent une ressource inestimable pour les études dans notre laboratoire. Dans ce contexte, nous avons récemment trouvé que la vaste majorité des cas d’hépatite E acquise en Suisse est causée par un sous-type particulier du VHE, le génotype 3s, qui a été identifié uniquement en Suisse à ce jour. De plus, nous avons observé que certaines personnes immunosupprimées sont infectées avec un VHE de lapin. Des projets en cours exploitent les nouvelles technologies de séquençage et les analyses génétiques de l’hôte pour corréler les déterminants viraux et de l’hôte avec des incidences cliniques spécifiques. De plus, nous essayons d’assembler des clones viraux fonctionnels afin d’étudier le cycle de vie et la pathogénèse du VHE ainsi que pour évaluer l’efficacité de candidats antiviraux.

 

Exploration du cycle de vie du VHE

Le cycle de vie du VHE est encore mal compris. Ainsi, notre recherche actuelle sur la virologie moléculaire de l’hépatite E se focalise sur l’organisation fonctionnelle de la réplicase du VHE, la structure et la fonction de la protéine ORF3 ainsi que sur le développement de nouveaux systèmes in vitro.

Un criblage aléatoire de site d’insertion par des transposons nous a permis d’identifier des sites dans ORF1 tolérant l’insertion de diverses séquences, comme un épitope HA ou bien une version courte de luciférase. Ces nouveaux outils facilitent nos études actuelles sur la localisation subcellulaire et la composition du site de réplication virale et l’identification de facteurs de l’hôte requis pour la réplication de l’ARN du VHE. De plus, la contribution de la machinerie de l’hôte pour la réplication de l’ARN viral est en cours d’investigation par des approches de criblage sur l’entier du génome basé sur le système CRISPR/Cas9 et par des méthodes protéomiques.

Notre travail récent sur la protéine ORF3 du VHE a révélé que sa palmitoylation était cruciale pour sa stabilité, son association membranaire, sa localisation subcellulaire et son rôle essentiel dans la production virale. Une caractérisation plus approfondie de la protéine ORF3 inclus des analyses structurales et biochimiques ainsi qu’une investigation de ses partenaires. Les efforts actuels doivent nous permettre de mieux comprendre la(es) fonction(s) de la protéine ORF3 dans le cycle de vie du VHE.

 Dernière mise à jour le 13/05/2020 à 10:09