Claire Bertelli

Claire Bertelli, PhD, FAMH in Clinical Microbiology
Tenure-track assistant professor
+41 21 314 40 76
https://orcid.org/0000-0003-0550-8981

Le Dr. Bertelli mène ses recherches à l’interface de la microbiologie, de la génomique et de la biologie computationnelle, avec un fort intérêt pour les applications cliniquement du séquençage des génomes microbiens dans le diagnostic de la santé et des maladies. De manière générale, ses travaux combinent biologie computationnelle et microbiologie clinique afin d’améliorer la détection des pathogènes, de mieux comprendre les écosystèmes microbiens et de traduire la recherche sur le microbiome en applications médicales.

Des méthodes computationnelles aux applications cliniques

Les projets de recherche du laboratoire s’articulent autour de plusieurs thématiques complémentaires :

• Développement d’outils bioinformatiques - création de méthodes computationnelles pour l’analyse des données de séquençage à haut débit, notamment en génomique comparative bactérienne et en métagénomique.
• Surveillance des maladies infectieuses - utilisation d’analyses génomiques pour suivre les épidémies et comprendre les dynamiques évolutives des pathogènes, en particulier lors de la pandémie de SARS-CoV-2.
• Métagénomique clinique - application d’approches basées sur le séquençage des microorganismes dans des échantillons cliniques pour le diagnostic des maladies infectieuses ainsi que des maladies non transmissibles.
• Microbiome humain et axe oral–intestin–cerveau - étude de l’influence des communautés microbiennes sur la physiologie humaine et les fonctions cérébrales dans la santé et les maladies.

Rôle du microbiome dans l’axe oral–intestin–cerveau

Un axe de recherche récent du laboratoire porte sur la compréhension des interactions hôte–microbiote dans les troubles neurocognitifs, la régulation de l’humeur et les réponses au stress. Ces travaux explorent les interactions complexes entre le microbiome, le système immunitaire et le système nerveux central à travers des mécanismes impliquant l’axe hypothalamo–

hypophyso–surrénalien (HPA). L’équipe étudie comment le microbiote oral et intestinal ainsi que leurs métabolites, notamment les acides gras à chaîne courte et d’autres composés neuroactifs, peuvent moduler des voies inflammatoires et de signalisation impliquées dans la modification du comportement, la dépression et la cognition.

Afin de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents à ces interactions, le laboratoire s’appuie sur des collaborateurs développant des modèles animaux, qui permettent d’étudier dans des conditions expérimentales contrôlées les relations causales entre les communautés microbiennes, la physiologie de l’hôte et les réponses neurocomportementales. En parallèle, le groupe réalise des analyses intégratives multi-omiques dans des cohortes humaines, en combinant des données métagénomiques sur les communautés microbiennes, métabolomiques et cliniques afin de caractériser les interactions hôte–microbiote dans la population et d’évaluer la robustesse ainsi que la possibilité de généraliser ces résultats à différents individus et conditions.