Assessing the Quality of Spatial Transcript-to-Cell Assignments

Le Biomedical Data Science Center (BDSC) a le plaisir de vous inviter à un séminaire présenté par Joey Arthur, biologiste computationnel et chercheur indépendant, qui donnera une conférence intitulée "Assessing the Quality of Spatial Transcript-to-Cell Assignments Without a Ground Truth".

📅 Jeudi 3 septembre, de 16h00 à 17h00
📍 Biopole, Auditoire SE-C 00/080

Résumé

L’analyse des données de transcriptomique spatiale commence souvent par l’assignation des transcrits aux cellules. La précision de cette étape influence de nombreuses analyses et conclusions en aval. Cette assignation peut être réalisée à l’aide de la segmentation d’images, de méthodes de segmentation tenant compte des transcrits et/ou d’un jeu de données de référence unicellulaire. Toutefois, en l’absence de simulations ou de données complémentaires, il reste difficile d’en évaluer la précision.

Nous proposons un nouveau score d’évaluation comparative (benchmarking) pour comparer les méthodes d’assignation des transcrits, inspiré de la validation croisée moléculaire (Batson et al., 2019) et des approches de data thinning (Neufeld et al., 2024), déjà appliquées à la transcriptomique en single cell. Chaque méthode d’assignation est exécutée sur un sous-ensemble de transcrits, puis les assignations obtenues sont utilisées pour construire un modèle génératif simple décrivant la position des transcrits mis de côté pour chaque gène. Les scores de vraisemblance calculés sur ces transcrits exclus peuvent ensuite être agrégés pour comparer différentes méthodes ou analysés par gène et par type cellulaire afin d’étudier la qualité des assignations. Nous présentons une première évaluation de cette approche à l’aide de simulations disposant d’assignations connues ainsi que de perturbations contrôlées appliquées à des données réelles.

À propos de l’intervenant

Joey Arthur est biologiste computationnel et titulaire d’un doctorat en statistique obtenu à l’Université Stanford. Il a travaillé pendant huit ans chez 10x Genomics, où il a contribué au développement de softwares et à l’analyse de données omiques à haut débit.
Son expertise couvre les omiques unicellulaires et spatiales, la bioinformatique, les méthodes statistiques et le développement de logiciels scientifiques.

Il exerce actuellement comme consultant et chercheur indépendant, collaborant avec des entreprises de biotechnologie sur des questions de stratégie computationnelle, de développement d’algorithmes, de benchmarking et d’analyse de données.

Nous nous réjouissons de vous accueillir à cette occasion.