Notre groupe est dirigé par le Prof. Raphael Gottardo, directeur du centre, professeur ordinaire à la Faculté de biologie et de médecine de l’Université de Lausanne et professeur adjoint à l’EPFL. Nos travaux portent sur le développement et l’application de méthodes statistiques et computationnelles, notamment des approches probabilistes et bayésiennes, afin de répondre à des questions biologiques majeures.
Le groupe se concentre sur la génération et l’analyse de données issues de technologies récentes, telles que la transcriptomique et la protéomique unicellulaires et spatiales, ainsi que sur leur intégration avec des données cliniques. Nous adoptons une approche intégrée, de la production des données à leur interprétation biologique, afin de développer des outils adaptés aux questions biologiques et d’en maximiser l’impact.
Les activités du groupe couvrent plusieurs domaines clés, dont l’immunologie, l’immunothérapie du cancer, la vaccinologie, les réponses immunitaires aux maladies infectieuses et la dermatologie.
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Dans le cadre du projet Européenne IMMUcan (Integrated iMMUnoprofiling of large adaptive CANcer patient cohorts), nous travaillons à l’identification de nouveaux biomarqueurs prédictifs de la réponse aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaires.
Nous faisons partie du consortium MOSAIC, qui vise à constituer la plus grand base de données de référence en omique spatiale pour l’oncologie. Cette base de données permettra de mieux comprendre les mécanismes de résistance aux traitements et d’améliorer la stratification des patients, ouvrant ainsi la voie à la découverte et au développement de thérapies personnalisées.
Nous participons au projet européen SOLVE, qui vise à développer des technologies vaccinales avancées pour une protection plus forte et durable contre la COVID-19. Dans ce projet, notre groupe construit et maintient un système de gestion et analyse des données de haute dimension générées lors des essais vaccinaux.
Zheng Y, Caron DP, Kim JY, Jun SH, Tian Y, Mair F, Stuart KD, Sims PA, Gottardo R
Nat Commun
Dong Y, Saglietti C, Bayard Q, Espin Perez A, Carpentier S, Buszta D, Tissot S, Dubois R, Kamburov A, Kang S, Haignere C, Sarkis R, Andre S, Alexandre Gaveta M, Lopez Lastra S, Piazzon N, Santos R, von Loga K, Hoffmann C, Coukos G, Peters S, Soumelis V, Durand EY, de Leval L, Gottardo R, Homicsko K, Madissoon E
Nat Commun
Crowell HL, Dong Y, Billato I, Cai P, Emons M, Gunz S, Guo B, Li M, Mahmoud A, Manukyan A, Pagès H, Panwar P, Rao S, Sargeant CJ, Kern LS, Ramos M, Sun J, Totty M, Carey VJ, Chen Y, Collado-Torres L, Ghazanfar S, Hansen KD, Martinowich K, Maynard KR, Patrick E, Righelli D, Risso D, Tiberi S, Waldron L, Gottardo R, Robinson MD, Hicks SC, Weber LM
bioRxiv
Seremet T, Di Domizio J, Girardin A, Yatim A, Jenelten R, Messina F, Saidoune F, Schlapbach C, Bogiatzi S, Minisini F, Garzorz-Stark N, Leuenberger M, Wüthrich H, Vernez M, Hohl D, Eyerich S, Eyerich K, Guenova E, Paul C, Gottardo R, Conrad C, Gilliet M
Nat Commun
Foglierini M, Nortier P, Schelling R, Winiger RR, Jacquet P, O'Dell S, Demurtas D, Mpina M, Lweno O, Muller YD, Petrovas C, Daubenberger C, Perreau M, Doria-Rose NA, Gottardo R, Perez L
Nat Commun
Hutchison WJ, Keyes TJ, tidyomics Consortium, Crowell HL, Serizay J, Soneson C, Davis ES, Sato N, Moses L, Tarlinton B, Nahid AA, Kosmac M, Clayssen Q, Yuan V, Mu W, Park JE, Mamede I, Ryu MH, Axisa PP, Paiz P, Poon CL, Tang M, Gottardo R, Morgan M, Lee S, Lawrence M, Hicks SC, Nolan GP, Davis KL, Papenfuss AT, Love MI, Mangiola S
Nat Methods
Moncunill G, Carnes J, Chad Young W, Carpp L, De Rosa S, Campo JJ, Nhabomba A, Mpina M, Jairoce C, Finak G, Haas P, Muriel C, Van P, Sanz H, Dutta S, Mordmüller B, Agnandji ST, Díez-Padrisa N, Williams NA, Aponte JJ, Valim C, Neafsey DE, Daubenberger C, McElrath MJ, Dobaño C, Stuart K, Gottardo R
Elife
Mair F, Erickson JR, Frutoso M, Konecny AJ, Greene E, Voillet V, Maurice NJ, Rongvaux A, Dixon D, Barber B, Gottardo R, Prlic M
Nature
Su Y, Yuan D, Chen DG, Ng RH, Wang K, Choi J, Li S, Hong S, Zhang R, Xie J, Kornilov SA, Scherler K, Pavlovitch-Bedzyk AJ, Dong S, Lausted C, Lee I, Fallen S, Dai CL, Baloni P, Smith B, Duvvuri VR, Anderson KG, Li J, Yang F, Duncombe CJ, McCulloch DJ, Rostomily C, Troisch P, Zhou J, Mackay S, DeGottardi Q, May DH, Taniguchi R, Gittelman RM, Klinger M, Snyder TM, Roper R, Wojciechowska G, Murray K, Edmark R, Evans S, Jones L, Zhou Y, Rowen L, Liu R, Chour W, Algren HA, Berrington WR, Wallick JA, Cochran RA, Micikas ME, ISB-Swedish COVID-19 Biobanking Unit, Wrin T, Petropoulos CJ, Cole HR, Fischer TD, Wei W, Hoon DSB, Price ND, Subramanian N, Hill JA, Hadlock J, Magis AT, Ribas A, Lanier LL, Boyd SD, Bluestone JA, Chu H, Hood L, Gottardo R, Greenberg PD, Davis MM, Goldman JD, Heath JR
Cell
Zhao E, Stone MR, Ren X, Guenthoer J, Smythe KS, Pulliam T, Williams SR, Uytingco CR, Taylor SEB, Nghiem P, Bielas JH, Gottardo R
Nat Biotechnol
Srivastava S, Furlan SN, Jaeger-Ruckstuhl CA, Sarvothama M, Berger C, Smythe KS, Garrison SM, Specht JM, Lee SM, Amezquita RA, Voillet V, Muhunthan V, Yechan-Gunja S, Pillai SPS, Rader C, Houghton AM, Pierce RH, Gottardo R, Maloney DG, Riddell SR
Cancer Cell
