Cartographier les gènes dans les tumeurs : quelle méthode utiliser
Des chercheur.se.s du CHUV, de l’UNIL et d’OWKIN ont analysé les performances de trois plateformes de transcriptomique spatiale de nouvelle génération sur des tissus tumoraux fixés en paraffine (FFPE). Leurs résultats orientent le choix des outils selon les besoins de recherche : exploration large ou étude ciblée.
La transcriptomique spatiale permet d’observer où et comment les gènes s’expriment au sein d’un tissu, transformant notre compréhension du cancer. Mais toutes les technologies ne se valent pas. Dans cette étude, une équipe dirigée par Laurence de Leval, Raphael Gottardo et Krisztian Homicsko ont comparé trois approches populaires : Visium CytAssist et Chromium Flex (10x Genomics), et GeoMx DSP (NanoString Technologies).
L’étude a été menée sur des tissus cliniques FFPE, très courants en hôpital. Elle a inclus des échantillons de cancers du sein, du poumon et de lymphome B diffus à grandes cellules (DLBCL).
Ce que montre l’étude
- Visium et Chromium permettent une analyse exploratoire à grande échelle, avec une haute résolution spatiale.
- GeoMx DSP est plus adaptée aux hypothèses ciblées, notamment grâce à sa flexibilité expérimentale, bien qu’elle soit plus complexe à mettre en œuvre.
Outre les performances biologiques, les auteurs ont comparé le coût, la complexité technique et la reproductibilité des trois outils, afin de guider le choix selon les besoins et les ressources disponibles.
Ces résultats seront particulièrement utiles pour les grands projets de recherche translationnelle, comme MOSAIC, qui vise à analyser des milliers de tumeurs humaines avec des technologies de pointe, pour mieux comprendre la complexité tumorale et identifier de nouveaux biomarqueurs.
Ce travail est le fruit d'une étroite collaboration interdisciplinaire entre l’Institut de Pathologie du Département médecine de laboratoire et pathologie, le Centre de la science des données biomédicales et le Département d’Oncologie du CHUV et la start-up OWKIN.
Félicitations à toutes les équipes engagées pour cette avancée dans la cartographie des tumeurs et l’amélioration des outils pour la prise en charge du cancer.
Ce travail a été soutenu par OWKIN, le CHUV, l’UNIL et le programme MOSAIC.
